Az EMEA 2008 januárjában megjelentette első szabálygyűjteményét arról, hogy milyen kritériumoknak kell megfelelnie a hozzájuk benyújtott eCTD-knek. Ezt az első verziót júliusban egy második követte. A validálás célja a hatósági befogadási folyamat megkönnyítése, a hibás beadványok miatti elutasítások csökkentése. Mivel a jelenleg beadható formátumok köre a NeeS-szel (Non-eCTD electronic Submission) bővült, az EMEA ezek validálását is megköveteli, részben az eCTD-vel azonos, részben pedig speciálisan a NeeS-re kidolgozott szabályok szerint. Minél ellenőrzöttebb módon készül az elektronikus dosszié, annál kevesebb hibalehetőséget hagyunk a felhasználók számára. Ehhez validáló szoftverek születtek, amelyek fő célja, hogy az eCTD ne váljon kudarccá a gyártók számára. Ezeknek az eszközöknek a segítségével a dokumentáció összeállítója, vagy akár a tényleges benyújtó (leányvállalat, helyi képviselet, egyéb partner) is könnyedén ellenőrizheti, hogy az elektronikus beadvány minden tekintetben megfelel-e az EU előírásainak.