A cégvezetők számlázással kapcsolatos fejlesztési igényeinek megfogalmazásakor nem mindig tudatosul, hogy az önálló könyvelési, számlázási szoftvereknek más a háttere, mint az integrált, komplett vállalati rendszereknek.

Az integrált rendszerekben a különböző kapcsolatok (számla, vevő, cikk, termék, göngyöleg, stb.), és nyilvántartások (főkönyvi, áfa, számviteli, pénzügyi, stb.) adatai együtt változnak, így a különleges esetek (rontott számla, szállítólevél, halasztott fizetés, előleg, visszáru, garancia, csere, stb.) kezelése sokkal nehezebb, mint a külön, önálló rendszerek esetében. Ilyen környezetben az e-számlák befogadása és kezelése az integrált alrendszerek kapcsolatai révén jóval nehezebb feladat.